Kuis Softskill

1. Apa yang kamu ketahui tentang Komputasi Modern ?

cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma tetapi dengan menggunakan peralatan di jaman modern sekarang ini seperti software dan hardware (komputer)

2. Jelaskan sejarah komputasi modern !

Jika membahas tentang sejarah komputasti modern, maka kita tak bisa melepaskan peran dari seorang John Van Neumann. John Von Neumann adalah salah seorang ahli matematika. Beliaulah yang pertama kali menggagas konsep sebuah sistem yang menerima instruksi-instruksi dan menyimpannya dalam sebuah memori. Konsep inilah yang menjadi dasar arsitektur komputer hingga saat ini. Berkat kepiwaiannya dalam menciptakan teori game yang akhirnya berkembang dengan terbentuknya komputer sebagai penciptaan dari komputasi jaman modern.

3. Sebutkan macam-macam komputasi modern !

Konrad Zuse’s electromechanical “Z mesin”. Z3 (1941) sebuah mesin pertama menampilkan biner aritmatika, termasuk aritmatika floating point dan ukuran programmability. Pada tahun 1998, Z3 operasional pertama di dunia komputer itu di anggap sebagai Turing lengkap.

Berikutnya Non-programmable Atanasoff-Berry Computer yang di temukan pada tahun 1941 alat ini menggunakan tabung hampa berdasarkan perhitungan, angka biner, dan regeneratif memori kapasitor. Penggunaan memori regeneratif diperbolehkan untuk menjadi jauh lebih seragam (berukuran meja besar atau meja kerja).

Selanjutnya komputer Colossus ditemukan pada tahun 1943, berkemampuan untuk membatasi kemampuan program pada alat ini menunjukkan bahwa perangkat menggunakan ribuan tabung dapat digunakan lebih baik dan elektronik reprogrammable. Komputer ini digunakan untuk memecahkan kode perang Jerman.

The Harvard Mark I ditemukan pada 1944, mempunyai skala besar, merupakan komputer elektromekanis dengan programmability terbatas.

Lalu lahirlah US Army’s Ballistic Research Laboratory ENIAC ditemukan pada tahun 1946, komputer ini digunakan unutk menghitung desimal aritmatika dan biasanya disebut sebagai tujuan umum pertama komputer elektronik (ENIAC merupaka generasi yang sudah sangat berkembang di zamannya sejak komputer pertama Konrad Zuse ’s Z3 yang ditemukan pada tahun 1941).

Parallel Processing

Apa yang kamu ketahui tentang komputasi ?

bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan

menggunakan suatu algoritma

2. Apa yang kamu ketahui tentang paralel processing ?

penggunaan pada lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara simultan. Dengan menggunakan beberapa cpu yang dijalankan secara bersamaan (paralalel) yang ditujukan untuk mempercepat pemrosesan yang akan berdampak pada penghematan waktu juga. Analoginya mirip dengan kita memasang lampu pada rangkaian secara parallel. Jika pada rangkaian listrik tersebut terdapat 4 buah lampu, maka kita harus mempunyai 4 saklar yang berbeda untuk menyalakan ke empat-empatnya apabila kita memasangnya secara seri. Tapi berbeda dengan parallel, kita dapat menyalakan ke empatnya dengan hanya satu buah saklar, dengan begitu kita dapat menghemat biaya dalam pembelian saklar..

jelaskan hubungan antara komputasi modern dengan paralel processing !

Dengan memasang cpu atau processor secara parallel, akan membuat kinerja suatu programdalam menyelesaikan masalahnya menjadi lebih cepat.

Mengenal BioInformatika

Apa yang kamu ketahui tentang bioinformatika ?

bioinformatika mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980 yang mengacu pada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis.

2. Apa yang kamu ketahui tentang sequence alignment?

proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut disebut sebagai sequence alignment atau alignment. Sequence alignmentmerupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajarievolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignmentmemberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut.

Kuis Softskill

1. Apa yang kamu ketahui tentang Komputasi Modern ?

cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma tetapi dengan menggunakan peralatan di jaman modern sekarang ini seperti software dan hardware (komputer)

2. Jelaskan sejarah komputasi modern !

Jika membahas tentang sejarah komputasti modern, maka kita tak bisa melepaskan peran dari seorang John Van Neumann. John Von Neumann adalah salah seorang ahli matematika. Beliaulah yang pertama kali menggagas konsep sebuah sistem yang menerima instruksi-instruksi dan menyimpannya dalam sebuah memori. Konsep inilah yang menjadi dasar arsitektur komputer hingga saat ini. Berkat kepiwaiannya dalam menciptakan teori game yang akhirnya berkembang dengan terbentuknya komputer sebagai penciptaan dari komputasi jaman modern.

3. Sebutkan macam-macam komputasi modern !

Konrad Zuse’s electromechanical “Z mesin”. Z3 (1941) sebuah mesin pertama menampilkan biner aritmatika, termasuk aritmatika floating point dan ukuran programmability. Pada tahun 1998, Z3 operasional pertama di dunia komputer itu di anggap sebagai Turing lengkap.

Berikutnya Non-programmable Atanasoff-Berry Computer yang di temukan pada tahun 1941 alat ini menggunakan tabung hampa berdasarkan perhitungan, angka biner, dan regeneratif memori kapasitor. Penggunaan memori regeneratif diperbolehkan untuk menjadi jauh lebih seragam (berukuran meja besar atau meja kerja).

Selanjutnya komputer Colossus ditemukan pada tahun 1943, berkemampuan untuk membatasi kemampuan program pada alat ini menunjukkan bahwa perangkat menggunakan ribuan tabung dapat digunakan lebih baik dan elektronik reprogrammable. Komputer ini digunakan untuk memecahkan kode perang Jerman.

The Harvard Mark I ditemukan pada 1944, mempunyai skala besar, merupakan komputer elektromekanis dengan programmability terbatas.

Lalu lahirlah US Army’s Ballistic Research Laboratory ENIAC ditemukan pada tahun 1946, komputer ini digunakan unutk menghitung desimal aritmatika dan biasanya disebut sebagai tujuan umum pertama komputer elektronik (ENIAC merupaka generasi yang sudah sangat berkembang di zamannya sejak komputer pertama Konrad Zuse ’s Z3 yang ditemukan pada tahun 1941).

Parallel Processing

Apa yang kamu ketahui tentang komputasi ?

bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan

menggunakan suatu algoritma

2. Apa yang kamu ketahui tentang paralel processing ?

penggunaan pada lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara simultan. Dengan menggunakan beberapa cpu yang dijalankan secara bersamaan (paralalel) yang ditujukan untuk mempercepat pemrosesan yang akan berdampak pada penghematan waktu juga. Analoginya mirip dengan kita memasang lampu pada rangkaian secara parallel. Jika pada rangkaian listrik tersebut terdapat 4 buah lampu, maka kita harus mempunyai 4 saklar yang berbeda untuk menyalakan ke empat-empatnya apabila kita memasangnya secara seri. Tapi berbeda dengan parallel, kita dapat menyalakan ke empatnya dengan hanya satu buah saklar, dengan begitu kita dapat menghemat biaya dalam pembelian saklar..

jelaskan hubungan antara komputasi modern dengan paralel processing !

Dengan memasang cpu atau processor secara parallel, akan membuat kinerja suatu programdalam menyelesaikan masalahnya menjadi lebih cepat.

Mengenal BioInformatika

Apa yang kamu ketahui tentang bioinformatika ?

bioinformatika mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980 yang mengacu pada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis.

2. Apa yang kamu ketahui tentang sequence alignment?

proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut disebut sebagai sequence alignment atau alignment. Sequence alignmentmerupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajarievolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignmentmemberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut.

Kuis Softskill

1. Apa yang kamu ketahui tentang Komputasi Modern ?

cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma tetapi dengan menggunakan peralatan di jaman modern sekarang ini seperti software dan hardware (komputer)

2. Jelaskan sejarah komputasi modern !

Jika membahas tentang sejarah komputasti modern, maka kita tak bisa melepaskan peran dari seorang John Van Neumann. John Von Neumann adalah salah seorang ahli matematika. Beliaulah yang pertama kali menggagas konsep sebuah sistem yang menerima instruksi-instruksi dan menyimpannya dalam sebuah memori. Konsep inilah yang menjadi dasar arsitektur komputer hingga saat ini. Berkat kepiwaiannya dalam menciptakan teori game yang akhirnya berkembang dengan terbentuknya komputer sebagai penciptaan dari komputasi jaman modern.

3. Sebutkan macam-macam komputasi modern !

Konrad Zuse’s electromechanical “Z mesin”. Z3 (1941) sebuah mesin pertama menampilkan biner aritmatika, termasuk aritmatika floating point dan ukuran programmability. Pada tahun 1998, Z3 operasional pertama di dunia komputer itu di anggap sebagai Turing lengkap.

Berikutnya Non-programmable Atanasoff-Berry Computer yang di temukan pada tahun 1941 alat ini menggunakan tabung hampa berdasarkan perhitungan, angka biner, dan regeneratif memori kapasitor. Penggunaan memori regeneratif diperbolehkan untuk menjadi jauh lebih seragam (berukuran meja besar atau meja kerja).

Selanjutnya komputer Colossus ditemukan pada tahun 1943, berkemampuan untuk membatasi kemampuan program pada alat ini menunjukkan bahwa perangkat menggunakan ribuan tabung dapat digunakan lebih baik dan elektronik reprogrammable. Komputer ini digunakan untuk memecahkan kode perang Jerman.

The Harvard Mark I ditemukan pada 1944, mempunyai skala besar, merupakan komputer elektromekanis dengan programmability terbatas.

Lalu lahirlah US Army’s Ballistic Research Laboratory ENIAC ditemukan pada tahun 1946, komputer ini digunakan unutk menghitung desimal aritmatika dan biasanya disebut sebagai tujuan umum pertama komputer elektronik (ENIAC merupaka generasi yang sudah sangat berkembang di zamannya sejak komputer pertama Konrad Zuse ’s Z3 yang ditemukan pada tahun 1941).

Parallel Processing

Apa yang kamu ketahui tentang komputasi ?

bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan

menggunakan suatu algoritma

2. Apa yang kamu ketahui tentang paralel processing ?

penggunaan pada lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara simultan. Dengan menggunakan beberapa cpu yang dijalankan secara bersamaan (paralalel) yang ditujukan untuk mempercepat pemrosesan yang akan berdampak pada penghematan waktu juga. Analoginya mirip dengan kita memasang lampu pada rangkaian secara parallel. Jika pada rangkaian listrik tersebut terdapat 4 buah lampu, maka kita harus mempunyai 4 saklar yang berbeda untuk menyalakan ke empat-empatnya apabila kita memasangnya secara seri. Tapi berbeda dengan parallel, kita dapat menyalakan ke empatnya dengan hanya satu buah saklar, dengan begitu kita dapat menghemat biaya dalam pembelian saklar..

jelaskan hubungan antara komputasi modern dengan paralel processing !

Dengan memasang cpu atau processor secara parallel, akan membuat kinerja suatu programdalam menyelesaikan masalahnya menjadi lebih cepat.

Mengenal BioInformatika

Apa yang kamu ketahui tentang bioinformatika ?

bioinformatika mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980 yang mengacu pada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis.

2. Apa yang kamu ketahui tentang sequence alignment?

proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut disebut sebagai sequence alignment atau alignment. Sequence alignmentmerupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajarievolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignmentmemberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut.

Penerapan Ilmu Komputasi Pada Bioinformatika

Pada tulisan kali ini saya akan membahas tentang penerapan komputasi pada bidang biologi, atau yang disebut dengan bioinformatika. Bioinformatika ini digunakan untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980 yang mengacu pada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Database untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan). BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan tools bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. BLAST pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini digunakan untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing.

Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut disebut sebagai sequence alignment atau alignment. Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut.

Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan dynamic programming dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment)

Clustal adalah program bioinformatika untuk multiple alignment, yaitu beberapa alignment sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX.

Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model. HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein.